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Pour mener à bien le volet Recherche et développement de sa mission, l'Institut maritime du Québec peut compter sur Innovation maritime, un centre de recherche appliquée en technologies maritimes. Établi au siège social de l'IMQ, à Rimouski depuis 2001, Innovation maritime est issu de la volonté de l'Institut d'offrir des solutions technologiques aux défis rencontrés par les professionnels de l'industrie maritime, au Canada et à l'étranger. Innovation maritime est reconnu par le ministère de l'Éducation et de l'Enseignement supérieur (MEES), ainsi que par le ministère de l'Économie et de l'Innovation (MEI) comme un Centre collégial de transfert de technologie (CCTT). Il est membre du réseau Synchronex (réseau des CCTT du Québec). En avril 2019, Innovation maritime a également été reconnu comme Centre d'accès à la technologie (CAT). Ces reconnaissances confirment la qualité des travaux menés par Ie Centre et sa capacité à soutenir le développement du secteur maritime du Québec par la voie de la recherche appliquée et du transfert technologique.

Les projets d'Innovation maritime s'orientent principalement autour de six grands axes de recherche : le génie maritime, les interventions sous-marines et hyperbares, la navigation, le transport maritime, la sûreté/sécurité maritime et les technologies environnementales.